1940 őszétől a Kolozsvári Ferenc József Tudományegyetem egyházjogi tanszékének rendes tanárává nevezik ki. Élethivatásának tekintette a papnevelést és a szerzetesek lelki nevelését. Ezt a munkát végezte a szatmári, majd a nagyváradi szeminárium lelkiigazgatójaként, a szatmári irgalmas nővérek és a nagyváradi Ferenc-rendi nővérek gyóntatójaként, és sok-sok, a papoknak és a szerzeteseknek tartott lelkigyakorlata során. Szentbeszédekben és lelkigyakorlatokon történő felhasználás céljára írta meg kéziratban maradt, négykötetes Elmélkedések az evangéliumról című munkáját, s az ugyancsak kéziratban maradt Lelkigyakorlatok ferenceseknek című könyvét. Papjainak szánt lelkigyakorlatos könyve - Atyám, szenteld meg őket - 1998-ban A pap címen jelent meg.

A Szentszék 1942. március 26-án kinevezte a szatmári egyházmegye püspökévé, március 28-án pedig nagyváradi apostoli kormányzóvá. Május 17-én a szatmári székesegyházban szentelte püspökké dr. Serédi Jusztinián hercegprímás, társszentelők: dr. Glattfelder Gyula csanádi és dr. Madarász István kassai püspök. Székfoglalás Nagyváradon május 20-án. 1948. április 9-től az újraegyesített szatmár-nagyváradi egyházmegye közös püspöke.
A papi hivatások gondozása céljából kezdeményezi az Opus vocationum ecclesiasticum-ot, a hivatásgondozás megszervezését. A felnőttek világnézeti és lelki nevelése is foglalkoztatta. Ezért fordította magyarra Spirago Felnőttek katekizmusa című munkájának harmadik kötetét, a Kegyelemtant és Eymard P. Iulian Az isteni nagy Szentség. Jézus valóságos jelenléte, valamint Szentáldozás - Életforrás című munkáját.

Egész életútján végigkísérte szociális érzékenysége, az elnyomottak és az üldözöttek védelme. A világháború idején a magyar kormány az ő közbenjárására szüntette meg Alexandru Rusu nagybányai román görög katolikus püspök kényszerlakhelyre való internálását. Gyűjtőtáborba hurcoltakon, főként zsidókon próbált segíteni. A hatóságok ezért megfenyegették, ha védelmüket nem hagyja abba, őt is elviszik. Kimentette az SS által erőszakkal elhurcolt papjait, 1945 januárjában személyesen járt közben a román megyei főispánnál és a szovjet parancsnoknál, hogy megakadályozza a német-sváb származású híveinek deportálását; nyilvánvalóan eredménytelenül.
Már 1943-ban figyelmeztette papjait és híveit a háború és az esetleges ateista-kommunista uralom lehetséges következményeire, a várható üldöztetésre, szenvedésre. Az áldozatvállalás, engesztelés és vezeklés szükségességét hangoztatta. Figyelmeztette papjait: a jó pásztor nem futamodik meg.

1945. november 8-án XII. Piusz pápa kinevezi a győri egyházmegye püspökévé a vértanúhalált halt Apor Vilmos győri püspök helyére. Andrea Cassulo bukaresti nuncius 1946. április 9-én közli kinevezését. Kijelentette, hogy aláveti magát a pápa akaratának, ha áthelyezése a Szentatya kifejezett óhaja. Kérte azonban, hogy a nehéz helyzetre való tekintettel maradhasson szeretett egyházmegyéjében. A Szentszék elfogadta a kérelmét.
Felszentelt püspökként szorgalmazta a Jézus Szíve tiszteletet, és az egyházmegye fogadott ünnepévé tette. Tanítói megnyilatkozásaiban ismételten foglalkozott a mariológia kérdéseivel. Bevezette Szűz Mária Szeplőtelen Szívének ünnepét (napja: augusztus 22.) 1948-ban az egyházmegye számára Boldogasszony Évet hirdetett. Kifejtette: bízik a mennybevitel dogmájának kihirdetésében.

Mindennemű pártpolitikától óvta a papjait. Az állammal való szembekerülést azonban sem az egyház, sem ő nem kerülhette el. A román kormány 1948. július 19-én felmondta a Szentszékkel kötött konkordátumot, az új állami kultusztörvény pedig megszűntette a szatmár-nagyváradi egyházmegyét. A püspököt a kormány nyugdíjassá nyilvánította, és eltiltotta a püspöki funkció gyakorlásától. Titokban megszervezte a kispapok úgynevezett földalatti teológiai oktatását az egyházmegye különböző plébániáin. Szenvedéseit fokozta, hogy 1949-ben letartóztatták titkárát és püspöki tanácsosát, a titokban püspökké szentelt Dr. Bogdánffy Szilárdot, félév múltán pedig általános helynökét, Pakocs Károlyt. Szembeszegül a romániai katolikus egyházat a pápától elszakítani akaró kommunista törekvésekkel, elvi kérdésekben semmilyen alkudozásra nem hajlandó, a pápához töretlenül hű marad. 1950. május 23-án a Hunyad megyei Körösbányára (Baia de Criş), a ferences kolostorba kényszerlakhelyre viszik, amelyet tilos elhagynia.
A román kommunista hatalom az ő személyét nézte ki a Rómától függetleníteni akart, Erdélyben egyedülinek elismert egyházmegye vezetésére, Márton Áron helyére. Az állami érdekeket kiszolgáló, az egyház átalakítására felhasznált gyulafehérvári egyházi vezetők mellé egy bábszerepet betöltő püspököt akartak. Nem vállalta a neki szánt szerepet, ezért letartóztatták, és 1952. március 10. és szeptember 12. között a bukaresti belügyminisztériumban tartották fogva, innen szállították át Jilava földalatti börtönébe. Koncepciós pert kezdeményeztek ellene. A kommunista koncepciós perek szokványos vádjával, a Vatikánnak való kémkedéssel és hazaárulással akarták megvádolni.

A vádpontok szerint:
- Bogdánffy Szilárddal a nunciatúrára akarta küldeni az egyik kárpátaljai plébánosától származó, ottani helyzetéről szóló levelet.
- Kapcsolatban volt Mindszenty bíborossal.
- Környezetében megtűrt Magyarországnak kémkedő papokat.
- A Szovjetunióból visszatért személyeket (a kényszermunkára deportáltakat) Rómából kapott pénzzel segítette.
Magas rangú állami vezetők azonnali felmentését ígérték, ha elvállalja a neki szánt szerepet. Cellatársainak elmondta: katolikus papnak nem szégyen kommunista börtönben szenvedni, vagy meghalni, hiszen a kötelesség teljesítése és a hitéhez való hűség juttatta oda. Koncepciós pere tárgyalására nem kerülhetett sor, mert a kínzások és a börtön embertelen körülményei egészségét tönkre tették. 1952. december 6-án meghalt a Jilava-i börtönben.

Élete minden szakaszában hangoztatott célja: Isten akaratának keresése, felismerése, teljesítése volt. X. Piusz jelmondatát vallotta: Mindent megújítani Krisztusban! Lelki életének fő célkitűzése az igazi felebaráti szeretet megvalósítása. Azt vallotta, hogy a szeretet próbája, mértéke, fokozója a másokért hozott áldozat. Ezért akart vezeklő, engesztelő lélekké válni.
A haldokló püspök csendes nyugalommal kiejtett utolsó szavai: „Ibi vacabimus..." A cellatárs, Dan Mizrahy, zsidó származású zeneszerző, negyven év múltán is pontosan idézni tudta Szent Ágoston sorait, a püspök kedvelt gondolatát, amelyre megtanította, s amelyet neki meg is magyarázott: "Ibi vacabimus et videbimus, videbimus et amabimus, amabimus et laudabimus. Ecce quod erit in fine sine fine. Nam quis alius noster est finis nisi pervenire ad regnum, cuius nullus est finis?"

Vagyis: „Ott időzünk és látunk majd, látunk és szeretünk, szeretünk és dicsőítünk. Íme mi lesz végül vég nélkül. Mert mi más a mi végcélunk, ha nem eljutni az országba, melynek nincs vége?" (Szent Ágoston: De Civitate Dei 22,30,5)
Scheffler János püspököt mind a papok, mind a hívek az egyház vértanújának tekintették, aki Krisztus ügyéért szenvedett és halt meg a börtönben, embertelen körülmények között. Az 1980-as évek közepén az egyházmegye magyarországi részében kinyomtatták és terjesztették a püspök képét, hátoldalán a közbenjárását kérő imával.
A kommunista rendszer bukását követően a szatmári egyházmegye 1990-ben kinevezett és felszentelt püspöke, Reizer Pál, papok és hívek kérésére kezdeményezte a boldoggá avatás eljárásának megindítását. Az ügy posztulátorává kinevezte P. Szőke János szalézi szerzetest, majd kérte a Szentté Avatási Kongregáció engedélyét az eljárás megindításához. Kinevezte az Egyházmegyei Bíróságot, amely az egyházi előírásoknak megfelelően elvégezte a tanúkihallgatásokat, összegyűjtötte és a szabályoknak megfelelően, rendezte a per anyagát. Az ügyiratcsomót 1996. december 5-én adták át hivatalosan a Szentté Avatási Kongregációnak.

Rómában 2002-ben elkészült a Positio. A Relátor pozitív következtetése: „Elegendő bizonyíték a vértanúság tényéhez; érett a boldoggá avatásra."

Válasz