A szombathelyi székesegyház Magyarország harmadik legnagyobb temploma, tornyai már messziről jól láthatóan magasodnak a város fölé. Még inkább így volt ez abban az időben, amikor még nem voltak meg a modern lakótelepek több emeletes épületei.

A székesegyház a város szívében az egykori vár területén, a régi várpalota és a vártemplom helyén épült fel. Közvetlen szomszédságában fekszenek az egykori Sabaria központjának, a helytartói palota és a Szent Quirinus bazilika romjai. A helyet Szombathely első püspöke Szily János választotta építésze Hefele Menyhért javaslatára több változat végiggondolása után.

A székesegyház légifotója

Szombathely életében döntő változást hozott az a döntés, mellyel 1777-ben Mária Terézia VI. Piusz pápával egyetértésben a várost püspöki székhellyé emelte. Az új egyházmegye első püspöke felsőszopori Szily János lett, aki kinevezése után máris nagy építkezésekbe kezdett. A régi, romladozó várat lebonttatta. Néhány év alatt épült fel a gimnázium, a bölcseleti akadémia, a hittudományi főiskola, a szeminárium és a püspöki palota épülete. A városban nyomdát, könyvtárat, múzeumot alapított. Már csak a legfontosabb, a püspöki székesegyház épülete volt hátra. Több terv megtekintése után a város tiltakozása ellenére végül a vártemplom feláldozása mellett döntött, és az új épületet a püspöki palota és a szeminárium épületei közé terveztette meg. A vártemplom bontása 1791-ben indult meg, anyagát az építéshez használták fel.

A székesegyház építését Hefele Menyhért tervei szerint 1791 tavaszán kezdték meg, az alapkövet augusztus 29-én maga a püspök helyezte el. Az alapok ásásánál rögtön az ókori város fórumának maradványaira, a római épületek alapfalaira és mozaikjaira bukkantak. Szily János mint kora egyik nagy műveltségű embere nem engedte meg a római romok elpusztítását. Azokat gondosan feltárták és a legszebb maradványokat megmentették az utókornak. Az építés gyors ütemben folyt, úgy hogy 1793 őszén már tető alatt volt a szentély. 1794 tavaszán elkezdődött a tornyok és a hajó építése is, melynek vezetésére közben március 15-én elhunyt a tervező Hefele Menyhért. Az idős mestert a ferences templom sírboltjába temették, és az építés további vezetésével tanítványát, Anreith Györgyöt bízták meg. Az év végére a kedvezőtlen időjárás ellenére sikerült az egész székesegyházat tetővel befedni.

1795 májusában a püspök a szobrászati munkát elvégzésére Prokop Fülöp bécsi szobrászművésszel, a falfestmények elkészítésére Franz Anton Maulbertsch festőművésszel kötött szerződést, azonban Maulbertsch még a munkák megkezdése előtt 1796. augusztus 7-én elhunyt. A püspök ezután a festői munkák elvégzésével Maulbertsch tanítványát, Jozef Winterhalder festőművészt bízta meg, aki mestere tervei alapján feladatát olyan remekül végezte, hogy a szentély mennyezetképét sokáig Maulbetschnek tulajdonították. 1797-re felépültek a tornyok, az oromfalakra feltették Prokop szobrait és elkezdődött a főoltár építése. Augusztusban I. Ferenc császár feleségével és kíséretével három napot töltött Szombathelyen és megtekintette az épülő székesegyházat is, melyről dicsérően nyilatkozott. 1798 áprilisában Winterhalder megkezdte a szentély mennyezetének kifestését. Folytatták a hajó boltozását, felrakták a gazdagon aranyozott korinthoszi oszlopfőket, elkezdték márványozást. Még javában folytak a belső díszítés munkálatai, amikor Szily János püspök 1799. január 2-án 64 éves korában tüdőgyulladásban elhunyt. Vele a székesegyház lánglelkű megálmodója és építője, a munka odaadó lelkesítője szállt sírba. Végrendeletében a székesegyházra hagyta nagy értékű könyvtárát, mely magva lett az egyházmegyei könyvtár terjedelmes gyűjteményének.

1799 tavaszán a munkák Eölbei János kanonok irányításával folytatódtak. Winterhalder megfestette a kereszthajók mennyezetét, az oldalfalak képeit, Prokop felállította a főoltár feletti glóriát, befejezték az oszlopok márványozását és aranyozását. Az első rész ideiglenes leválasztásával lehetővé vált az istentiszteletek elvégzése. A munka lendülete azonban 1800-ban pénz hiányában megtorpant.

1800. május 18-án VI. Piusz pápa gróf Harrasi Herzan Ferencet szentelte fel Szombathely püspökévé. Rövid püspöksége alatt azonban a székesegyház építése lényegében szünetelt, azonban számos műkincset hagyományozott a templomra. 1806 nyarán Somogyi Lipót győri kanonok lett Szombathely harmadik püspöke. Az új püspök nagy lendülettel látott munkához, novemberre készen állt a kereszthajó két oltára és a szószék is. 1806. november 9-én ünnepélyesen felszentelték a székesegyházat.

Mivel Winterhalder időközben elhunyt, 1807 márciusában Somogyi püspök Anton Spreng bécsi akadémiai festőt bizta meg a hajó mennyezetének kifestésével, aki 1808 őszére végzett a munkával. Elkészültek a belső szobrok, az orgona, a gyóntatószékek és a kanonoki stallunok. 1814. április 29-én ünnepélyesen vitték át a püspöki palotából Szent Placidus római vértanú ereklyéit és a jobb oldali első mellékoltáron díszes üvegkoporsóban helyezték el. Ezzel a székesegyház belső díszítési munkái lényegében lezárultak és az építés befejeződött, és ugyanazon év június 14-én fel is szentelték a templomot.

A második világháború eseményei a várost akkor kezdték jobban érinteni, amikor a hátráló német és magyar csapatok a Dunántúl nyugati részére szorultak vissza. A városban több a kormányhivatal és minisztérium is helyet kapott. Több, kisebb bombatámadás után 1945. március 4-én a várost az angolszász légierő pusztító csapása érte, melynek következtében több száz lakos halt meg és a város Magyarország ötödik legromosabb városa lett. Aznap 12 óra 43 perckor a székesegyházat is bombatalálat érte, melynek pusztítása leírhatatlan volt. A pusztítás csak a tornyokat kerülte el, a homlokzat felső része előredőlt, szobordíszei lezuhantak, a tető és a hajó boltozata beomlott, a gyönyörű mennyezetfreskók és az orgona megsemmisültek, a belső berendezésből alig maradt valami. A szentély boltozata helyén hatalmas lyuk tátongott. Mindenütt romok, az oltárképek és a márványburkolat leszakadt, a berendezés darabokra tört. A pusztítás egyedül a Madonna-kápolnát kerülte el.

A háború után azonnal megindult az újjáépítés, amely a templom külsejét tekintve 1947-ben fejeződött be. Ekkor szentelték fel újra az épületet, megkezdődött a restaurálás, a hiányzó alkotások pótlása. Csak az 1980-as években vetődött fel komolyan, hogy a templombelsőt a lehető legeredetibb formában helyre kellene állítani. A belső helyreállítási munkák Konkoly István püspök nevéhez fűződnek. Előbb a szentély, majd a kereszthajók márványborítása készült el. Pár éves szünet és a rendszerváltás után következett a kórus és a főhajó helyreállítása, és a kereszthajókba új, nagyméretű festmények kerültek, amelyek Kisléghi Nagy Ádám művei. 1999-ben megépült az új 3 manuálos, és 54 regiszteres orgona, Áment Lukács OSB atya tervei alapján. Az orgonaszekrény vörösfenyőből készült, magassága 12 méter. A homlokzatban álló sípok magassága meghaladja a 6 métert. Sípjainak száma 4500 körül van. A régi mennyezetfreskók helyreállítása kivételével lényegében a munkák befejeződtek, de a restaurálás két lépcsője megmutatkozik a szentély és a fő kupola festésének különböző stílusában. A székesegyház felújítása 2004 nyarára fejeződött be. Ma közel a régi fényében pompázik.