Alajos Castiglione őrgrófjának, Ferrante Gonzagának az elsőszülöttje volt. Tízéves korában a toszkán nagyherceg udvarába került, apródnak. Az udvar világiassága, léhasága nem tetszett neki. A firenzei Angyali Üdvözlet-templomban fogadalmat tett, hogy más életet él, mint környezete, és elköteleződött Isten mellett.
Firenzéből 1579-ben a mantovai herceg udvarába ment, aki a Gonzaga-ház feje volt. 1581-ben Alajost apródként Máriának, II. Miksa feleségének udvarába rendelték, aki Spanyolországba utazott. Természetesen Alajos is vele tartott.
Spanyolországban döntött hivatásáról: be akart lépni a jezsuita rendbe. Apjának nem tetszett a terv. Abba beleegyezett volna, hogy fia egyházi szolgálatot vállaljon, és idővel főpap legyen, de a szerzetességet túl szerénynek találta elsőszülöttje számára. Amikor megkérdezte tőle, miért éppen a jezsuitákhoz akar menni, Alajos így válaszolt: ,,Azért választottam a jezsuita rendet, mert abban senki sem vállalhat kitüntető tisztséget. Ha ilyesmire törekednék, a világban maradnék, ahol mint elsőszülött megkapnám az őrgrófságot.”
1584 nyarán visszatért hazájába. 1585-ben, halottak napján lemondott összes jogáról, rangját és örökségét Rudolf öccsére ruházva. Azért ezt a napot választotta, hogy kifejezze: meghal a világ számára. Két nap elteltével már úton volt Róma felé, hogy megkezdje a noviciátust.
Apja nem sokkal később meghalt, és a családnak szüksége volt a legidősebb testvér segítségére. Rudolf ugyanis, akinek átadta az őrgrófságot, nagy bonyodalmakat okozott. Nem akarta elvenni a neki szánt leányt, egy másikat pedig megszöktetett, és titokban feleségül vette. Alajos meggyőzte, hogy hozza nyilvánosságra házasságát. Rudolf ráadásul Solferino birtoklásáért pereskedett a mantovai herceggel. A herceg anyja azt javasolta, hogy a húszéves Alajos legyen a döntőbíró. A jezsuiták rendfőnöke megengedte, hogy hazatérjen, és intézkedjék.
1590–91 tele éhínséget és pestist hozott Itáliára. A Római Kollégium növendékei beálltak az önkéntes ápolók közé. Így életének utolsó heteiben Alajos a járvány áldozatait segítette. Amikor egy földön heverő beteget vett észre az utcán, vállára vette, és a kórházba vitte. Ekkor ő is megfertőződött.
Mély hitéről tanúskodik, ahogyan anyjának írt egyik levelében a betegségéről fogalmaz: „Isten, a mi Urunk adjon nekem jobb egészséget, jobbat, mint amit az orvosok adni képesek. És tulajdonképpen boldog vagyok, mert remélem, hogy Isten, a mi Urunk néhány hónapon belül a holtak országából az élők birodalmába fog hívni.”
Egyik látogatóját ezzel fogadta az utolsó napokban: „Jó hírt kaptam: nyolc napon belül meghalok. Énekeld velem a Te Deumot!” Huszonhárom évesen hunyt el.