A trienti zsinat (1545–1563) rövid idő alatt újraszervezte az egész egyházat, és átfogó reformmozgalmat indított meg az európai egyházmegyékben.
Dél-Amerika politikai és egyházi központja a XVI. században egyre inkább Lima lett. 1546-tól a limai érsek volt felelős minden hívőért Panama és a Rio de la Plata között. E hatalmas terület északtól délig több mint ötezer kilométer kiterjedésű, és hatmillió négyzetkilométert foglal magában.
A perui missziót a domonkosok indították el, de nem sokkal később nagyszámú ferences érkezett az országba. 1555-ben követték őket a jezsuiták, akik új lendületet adtak a missziónak. Azokat az indiánokat, akik nem tudtak kimenekülni a spanyol uralom alól, rövid időn belül úgynevezett encomiendákba zárták össze: minden spanyolnak meghatározott számú indián volt köteles dolgozni. Elvileg szabadok voltak, és némi bért is kaptak, gyakorlatilag azonban szinte rabszolgaságban éltek. Az indiánok szenvedélyesen ellenszegültek a megtérésnek, mivel látták, hogy a misszionáriusok a hódítók kíséretében érkeztek.
I.Fülöp spanyol király elégedetlen volt a perui helyzettel, ezért megbízta a granadai inkvizíciós tanács elnökét, hogy legyen Lima érseke. Az ifjú, aki fiatal kora ellenére alkalmasnak tűnt a nagy feladatra, Mongrovejói Turibiusz volt.
Spanyolország egyik kis falujában született. Először Valladolidban, majd Salamancában és Oviedóban tanult, 1573-ban jogi licenciátust szerzett. Mindössze kétévi hivatásbeli tapasztalattal nevezték ki a granadai inkvizíciós tanács elnökévé.
1580-ban utazott Peruba. Azon volt, hogy az amerikai egyházat alapjaitól kezdve megújítsa. Legszembetűnőbb vonása a jogfosztott indiánok iránti szeretete volt. Szerzetesekkel, fegyelmezetlen világi papokkal és az indiánokat bántó spanyol telepesekkel szemben egyaránt fel kellett lépnie.
Amikor egyházmegyéjét átvette, a károk helyrehozása érdekében hosszú és fárasztó vizitációs utakra vállalkozott, hogy a helyszínen tanulmányozza és rendezze a viszonyokat. Püspökségének huszonöt éve alatt négyszer utazta be az országot. Minden útja több évig tartott, az utolsóról pedig már nem tért vissza. Egy kicsiny templomban, indiánok között hunyt el.
1582 és 1604 között tizenkét egyházmegyei zsinatot hívott össze. A harmadik limai püspöki konferencia (1582–1583), az „amerikai Tri­den­­tinum” volt a legjelentősebb kezdeményezése. A világi papság reformját a limai papi szeminárium alapításával biztosította. Gyorsan megtanulta az inkák nyelvét, a kecsuát, és megkövetelte, hogy minden pap, aki indiánokkal foglalkozik, tudja ezt a nyelvet. Az 1551-ben alapított Limai Egyetemen kecsua tanszéket állított fel. 1583-ban az érseki egyházmegyében százötven plébánia volt, számuk 1598-ig a hatékony lelkipásztorkodás következtében kétszáznegyvenre emelkedett.