Amikor augusztus 19-én közeledni érezte halálát, összehívta a város papságát és beszédet intézett hozzájuk. Majd körmenetben vitték az érsekségre az Oltáriszentséget. A bíboros meggyónt, megáldozott, mindenkitől elbúcsúzott és másnap, augusztus 20-án éjjel egy órakor – napra pontosan nyolc évre rá, hogy az általa annyira kedvelt nyíregyházi katolikusoknak emeltetett Magyarok Nagyasszonya-társszékesegyházat felszentelte – 84 éves korában megtért Teremtőjéhez.

Úgy tartják, a kiváltságosok kérését meghallgatja az Úr: az erősen nemzeti érzelmű érseknek az volt a kívánsága, hogy Szent István király napján szólítsa magához az Isten. Megkapta ezt a kegyelmet.

Bámulatra méltó volt az a teljes harmónia, amely Nyíregyháza városát, Szabolcs vármegyét és közvetlen egyházi elöljáróját, az egri érseket jellemezte 1873-1912 között.

Samassa József ragyogó szónoklataival, elmélkedéseivel, tanításaival, bőkezű adományaival, alapítványaival – vallásfelekezeti különbségtétel nélkül – elérte azt, hogy róla a legnagyobb tisztelettel beszéltek, a legmélyebb hódolatot tanúsították iránta a megye és a város – nagyrészt protestáns – vezetői.

Szeretett városa, amelyről atyaian gondoskodott, nagyon sokat köszönhetett neki. Mégis, a „hálátlan” utókor emlékezetében sokáig nem volt jelen az ő alakja. Pedig Nyíregyháza történetében nem sok olyan kiemelkedő személyiség volt rajta kívül, aki ennyi mindent adott, ajándékozott volna az ottani híveinek, akiknek a szó legnemesebb értelmében lelki pásztora (is) volt.

Ezt az adósságot törlesztve 2012. augusztus 11-én a nyíregyházi római katolikus egyházközség hívei mintegy ötven fővel zarándokút keretében emlékmisén vettek részt Papp János apát-plébános vezetésével a templom építtető főpap lelki üdvéért az egri bazilikában, majd a kriptában koszorút helyeznek el sírjára.

Majd augusztus 20-án, az államalapítás ünnepén 10 órakor a szentmise után megkoszorúzták az érsek mellszobrát a katolikus nagytemplom főbejárata mellett, majd a misét követően felavatták a Samassa József teret a plébánia előtt. Ennek kezdeményezője Komiszár Dénes helytörténész volt. Az emléktáblát Papp János plébános leplezte le Kovács Ferenc polgármesterrel együtt, majd áldotta és szentelte meg. Az emléktáblánál koszorút helyezett el Kovács Ferenc Nyíregyháza és Tadeusz Ferenc, Rzeszow (Nyíregyháza lengyel testvérvárosa) polgármestere.

A megemlékezés itt még nem ért véget, ez év október 8-án, Magyarok Nagyasszonya főünnepén a templombúcsú alkalmából Bosák Nándor megyéspüspök mutatja be a Samassa-monográfiát, amely a centenáriumra készült el, amelynek szerzője is Komiszár Dénes.

Akinek útja Egerbe vezet, szenteljen néhány percet arra, hogy felkeresi a bazilika kriptájában sírját és elmond a lelke üdvéért egy imát, meggyújt a tiszteletére egy mécsest, vagy lerak oda egy szál virágot.

Samassa József utóda, Szmrecsányi Lajos érsek írta Májerszky Béla polgármesternek 1912-ben: „azt a nagy lelket pedig, mely az Úrhoz szállott, azt a nagy szívet, mely a sírba hullt, őrizzék meg az elköltözötthöz méltó kegyeletben! Emléktemplomának ég felé magasodó tornyai minden nap újra idézzék emlékezetökbe az ő teljes életével s még elhaló ajkával is hangsúlyozott intelmét, hogy az égieket keressük!”